Ciao giochibonus,
potresti provare a guardare nella Tab delle parole chiave con modifica, sempre dentro Webmaster Tool, se qualcuna di queste ha subito variazioni nelle Impression e nei Clic (puoi ordinare la colonna in base alla percentuale di variazione).
Cliccando poi sulla singola keyword dovresti avere anche il grafico dettagliato delle modifiche del termine nel lasso di tempo considerato.
Magari in questo modo riesci ad avere una visione più chiara di quello che è successo.
Ciao!