Posso parlare solo per me.
E' solo un'abitudine ma non sono a conoscenza di nessun test o letteratura che ne dimostri la superiorità o inferiorità.
Nel caso dei domini globali Io dedico la radice alla lingua principale o al mercato più importante poi creo tante cartelle ognuna per ogni nazione.
Poi queste cartelle le geolocalizzo negli strumenti per webmaster di Google.

Per quanto riguarda il cms ovviamente sarebbe una spesa troppo onerosa averne di separati per ogni nazione, quindi l'installazione è unica e poi ci sono le varie personalizzazioni al template.
Ci possono essere delle eccezioni, ad esempio per la versione in Cinese che preferisco sia separata.

Valerio Notarfrancesco