mi viene un dubbio: adesso che redirigo tutto sul sito senza il www, in GWT devo creare un nuovo sito senza www ? non è che poi pensa che sono due siti duplicati?

No! Fai il rewrite appunto perchè non sorga il problema.
In webmaster tools puoi segnalare il fatto che la versione ufficiale da preferirsi è quella senza il www (ma perchè poi non scegli quella con il www? )

sono un po confuso, io su GWT avevo la mia versione con www , poi avevo letto che bisognava segnalare tutti e 2 gli url del sito ( con e senza www):
Add all your website versions
Make sure you add both "www" and "non-www" versions for your site. Also, if you use the HTTPS protocol, add those variations as well.

Quale versione devo lasciare su GWT, www o senza?

Non ha importanza quale lasci. L'importante è che segnali la tua versione preferita e che comunque imposti il reindirizzamento.

Una volta fatto consulterai la versione scelta (l'altra forse viene addirittura "oscurata" su WMT)

ok, ho impostato la preferita, il redirect e adesso aspettiamo che google ri-indicizzi tutta la nuova versione.
Nel frattempo la vecchia versione mi da ancora 300 pagine 404 che poi sono tutte le pagine dentro la cartella /en/ della quale il redirect ancora non funziona

Ciao fra25, il consiglio che ti do è quello di visitare qualche sito forum dedicato a Prestashop, o comunque di rintracciare qualcuno che conosca meglio (di me) il funzionamento di Prestashop.
Potresti anche bloccare la versione en con i robots, tanto se non esiste più non credo sia imprescindibile reindirizzare le visite sull'ita.

ciao, è un'idea!
bloccando tramite robot tutta /en/ e segnando gli errori del GWT come corretti, non risalteranno piu' fuori?

puoi contarci

a mali estremi.... cmq ti faccio sapere se capisco come mai la regola non funziona.

ok, la regola non funziona perchè come ti dicevo sopra al 99% c'è un reindirizzamento gestito da prestashop. Queste pagine avranno un URL iniziale in formato non leggibile. E' quello l'URL che devi riscrivere e non l'URL finale che leggi (o leggevi).
Ad ogni modo se riesci ad approfondire fa sapere!