Ciao,
sei riuscito a risolvere il problema?

prima di <script src="js/jquery.prettyPhoto.js"></script>

hai messo lo script di richiamo jquesty? pare il comportamento predefino di wp...
prova a mettere prima questo
<script src="//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script>

prima carichi la libreria di jquerì e poi tutto ciò che funziona su jquery

Figurati

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