No scusami mi sono spiegato male io anche perché non avevo capito molto bene:
Opzione 1 (prodotti semplici)
Usi i prodotti semplici, è buono per la seo ma difficile far indicizzare tutto, dovresti creare contenuti unici per ogni prodotto e credo sia un lavoro enorme, dipende molto dal numero dei prodotti e dalla frequenza con cui li modifichi.
Opzione 2 (prodotti dinamici)
Usi i prodotti dinamici così come sono, se non usi il tuo plugin ovviamente a livello di onpage avrai una ottimizzazione più generica (per esempio il colore, che è dinamico non lo avrai nei title), il plugin che hai non so dirti se possa essere utile, potrebbe funzionarti bene come darti dei problemi, se hai la possibilità fai qualche test, magari su alcuni prodotti e non su tutti e poi valutane l'utilizzo.
Per quanto riguarda i rel=canonical ti consiglio di usarli in entrambi i casi, magento spesso offre lo stesso contenuto (prodotto) con molti url diversi, scegli quale vuoi utilizzare come standard e configura i canonical di tutti i prodotti per rispettare quello standard.
