Webmaster Tools non aggiorna i link in contemporanea all'aggiornamento dell'indice di Google, per cui ci può volere un po' prima che compaiano lì. In ogni caso non bisogna preoccuparsi, l'indice Google è aggiornato molto più di frequente ed è quello che conta a livello di posizionamento.
Se si vuole avere un elenco dei propri backlink, il consiglio è di usare, in aggiunta al WMT, servizi terzi quali Majestic, Moz, etc. che utilizzano database diversi