Prova a vedere ora dovrebbe andare.
<html>
	<head>
	<title>prova</title>
	<script type='text/javascript'>
		function Domanda(link, tipo,stile)
		{
			var domanda;
			switch(tipo)
			{
				case 'A':
					domanda = "Sicuro di fare questo?";
					break;
				case 'B':
					domanda = "Sicuro di fare quest'altro?";
					break;
			}
			var answer = confirm(domanda);
			if(answer)
			{
				window.open (link,"mywindow",stile);
			}
		}
	</script>
	</head>
	<body>
		<input type="button" value="apri" onclick="Domanda('google.it','A','top=100,width=100');" />
	</body>
</html>
Una sola cosa per motivi di protezione non mi fa scrivere correttamente l'url quello modificalo te correttamente.