Ciao AndreaSEO, benvenuto sul Forum GT
Verosimilmente il tuo problema è causato dall'insieme di due fattori:
In particolare la perdita di link molto forti ha ridotto sensibilmente la forza del sito, di conseguenza l'opinione che aveva Google in merito ai tuoi contenuti duplicati è cambiata.
In merito ai contenuti duplicati guarda ad esempio questa serp, per presentare la struttura sui vari siti esterni al network è stata utilizzata sempre la stessa descrizione ( o giù di li) che avete in home. La cosa si ripete per le varie lingue che ho controllato (en compresa).