@mastertest
Secondo me si.
Tieni presente che aprendo un articolo a caso, trovo addirittura 3 tag, uno dei quali proveniente da una proprietà diversa. Nella storia del sito hai per caso registrato il sto su due account Search Console differenti?

Questo è sicuramente un punto di partenza importante da sistemare e verificare poi i dati successivi alla modifica.

Come prima verifica, rifarei i test con il tag assistant con il plugin disabilitato. Io mi aspetto che negli articoli vengano individuati solo 2 tag.

Comunque sia, io proverei a sistemare il sito in modo che presenti un solo tag su ogni pagina, successivamente attiverei W3TC e cercherei di capire se e come aggiunge il secondo (o terzo) tag.

Se, per esempio, il plugin mette in cache le pagine con il tag, è possibile che vengano presentati due tag, uno nell'header della pagina e un altro nella versione cache statica presentata dal plugin.