Ok, ho cercato in rete e ho trovato una persona che consigliava di fare così:
Turn on rewrites.
RewriteEngine on
Only apply to URLs on this domain
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(ww.)?domain.com$
Only apply to URLs that aren't already under folder.
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/folder/
Don't apply to URLs that go to existing files or folders.
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
Rewrite all those to insert /folder.
RewriteRule ^(.*)$ /folder/$1
Also redirect the root folder.
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(ww.)?domain.com$
RewriteRule ^(/)?$ folder/index.php
Funzionare, funziona. Anche se in realtà non ho capito benissimo cosa ho fatto...
Facendo il check dei links su Tuttowebmaster non me li vede più errati e se accedo al sito dall'indirizzo
miosito.it/pagina.html la pagina si vede.
Che ne dite?