Ciao free5zone
Innanzitutto di base i div non si sovrappongono ma essendo elementi di blocco di natura dovrebbero gia posizionarsi uno sotto l'altro.
Probabilmente ti è accaduto un fatto di sovrapposizione perchè avrai usato , come tu dici, attributi di posizionamento quali, deduco, position:absolute con relative coordinate.
La risposta si fa ampia e acquosa poichè sarebbe opportuno che tu ci linkassi o i fogli di stile con annesso html o almeno l'indirizzo della tua pagina (mi raccomando senza usare il link attivo!) in modo da poterti aiutare con materiale più consistente.
Ciao!