Riguardo al Disavow Tool per rifiutare determinati link, quando negli strumenti per i webmaster un link ha più versioni dobbiamo inserire nel Disavow Tool tutte le versioni o basta la pagina principale?

grazie

Se vuoi bloccare un URL e dormire sogni tranquilli, è sempre consigliabile bloccare l'intero dominio (se non hai nulla in contrario "lato SEO"). Questo perché una stessa pagina può essere raggiungibile tramite URL differenti, tramite l'url senza/con www , e così via.
Note importanti nell'uso di "domain":
-NON puoi usare indirizzi IP per bloccare una classe C intera (anche se sarebbe parecchio utile in certi casi di negative.. )
-NON puoi usare il wildcard per fare cose tipo: domain:quartolivello.*.sito.it

fonte: Matt Cutts a una mia domanda specifica!

Detto questo ti sposto nella sezione apposita, nella sezione consigli seo e penalizzazioni parliamo di casi di studio concreti con tanto di dati richiesti

se ad esempio se ci sono pagine per la stampa o altre versioni?

Quando esamini i link che rimandano al tuo sito in Strumenti per i Webmaster, potrebbe essere opportuno verificare sia la versione www sia la versione non www del dominio nel tuo account Strumenti per i Webmaster.