dovresti utilizzare il comando REPLACE, come hai ben pensato, ma usando una Regular Expression che, se non hai un dedicato o un VPS su cui montare pacchetti UDF o magari i permessi per creare Procedure personalizzate, non puoi utilizzare.
Se sei su un hosting economico con pochi permessi e poca possibilità di personalizzazione, ti conviene seguire il consiglio di icefoxsoftware, tenendo in considerazione che se vuoi modificare il contenuto del DB, ti basta eseguire una query di UPDATE per ogni valore TRUE restituito dalla sua funzione findRep().

[PHP]
/*
Qui fai la connessione al tuo database, fai la query e ottieni i vari risultati.
Quindi...
*/
$query="SELECT....";
$res = mysql_query($query);
while($ris = mysql_fetch_array($res, MYSQL_ASSOC)) {
$variabile = $ris['pagetext'];
while(true) {
$stringa = findRep($variabile);
$res = findRep($stringa);
if($stringa==$res) break;
$variabile=$res;
}
// In $stringa hai il tuo testo con sostituito gli [spoiler:balbalaba] in [spoiler].
//Adesso fai una query di update in modo da aggiornare il valore
}

function findRep($string) {
for($i=0; $i<strlen($string); $i++) {
$cmp = substr($string, $i, 9);
$str2 = substr($string, $i, $i+9);
if($cmp=="[spoiler:") {
$string = substr($string, 0, $i)."[spoiler]".substr($string,$i+18);
}
}
return $string;

[/PHP]

Sostituendo nella funzione findRep [spoiler: con center: modifichi anche per altri.
Fammi sapere se va bene
Alfonso

*UPDATE post SET pagetext = replace(pagetext, ‘[spoiler %]’, ‘[spoiler]’);*

Praticamente, se non ho capito male, vuoi che quando nel db c'è [spoiler:abcdefgh] venga sostituito con [spoiler] e basta?
Fammi sapere.
Alfonso