Il campo categories_description per le sottocategorie avrà immagino nomi diversi, per questo non li estrae.
Mi sa che ci serve qualche altra info in più per poter comprendere cosa hai e cosa vuoi ottenere.

Purtroppo non ho mai usato oscommerce quindi non so com'è strutturato il Database.

$query = "SELECT categories_description.*,products.*". 
"FROM categories_description,products " .
"WHERE categories_description.categories_name = products.categories_name";

$result = mysql_query($query) or die(mysql_error())or die(mysql_error());
while($row = mysql_fetch_array($result)){

mysql_query("INSERT INTO products_to_categories (products_id, categories_id) 
VALUES('".$row['products_id']."', '".$row['categories_id']."')")or die(mysql_error());
}

```Solo che non mi da tutto o meglio mi estrae soltanto le categorie ma non le sottocategorie che peraltro stanno nella stessa tabella (categories) e le si distingue tramite il campo parent_id.
A questo punto però mi rincuora il fatto che dopo oltre 15 giorni bloccato in questa parte di script qualcosa stia riuscendo a fare.
Probabilmente devo rivedere la query.
Come dicevo qui o in un altro post, non ricordo, quelli di oscommerce ce l'hanno messa tutta per complicare la vita a chi volesse mettere mano al db e/o allo script. ehehehe.

Rimane, in entrambi i casi, il problema di come far associare il category_id con il product_id.
Lo farai manualmente?

In sostanza quello che non riesco a fare è creare una relazione tra le tabelle al fine di estrarre le due id.

Per ottenere quel che ti serve bisogna stabilire un metodo di associazione, manuale o automatico, tra prodotto e categoria. Il Database da solo non lo fa.

Mi permetto di farti una domanda, perché il category_id non lo metti nello stesso record del prodotto?

Tabella products_description
 ------------------------------------------
|products_id|products_name|  category_id |
 ------------------------------------------
|              1| Nintendo DSI  |                 1|
 ------------------------------------------

Tabella products:
 ------------
|products_id|
 ------------
|              1|
 ------------

Tabella products_description
 ---------------------------
|products_id|products_name|
 ---------------------------
|              1|Nintendo DSI   |
 ---------------------------

Tabella categories_description
 ------------------------------
|categories_id|categories_name|
 ------------------------------
|                1|Nintendo DSI     |
 ------------------------------

Tabella categories
 -------------
|categories_id|
 -------------
|                1|
 -------------

```In pratica da queste tabelle devo fare una query che mi dia il seguente risultato:

Tabella products_to_categories

|products_id|categories_id|

| 1| 1|

Penso che la query debba prima confrontare i nomi delle categorie dalle tabelle categories_description e products_description estrarne il products_id corrispondente ed andarlo ad inserire nella tabella products_to_categories insieme all'id della categoria.
Non ce la faccio proprio ed ho bisogno davvero di una mano.

Immagino che da qualche parte nel programma tu dia l'associazione prodotto-> categoria, giusto?
All'atto di quell'inserimento prodotto, non farai altro che recuperare l'id del prodotto appena inserito (mysql_insert_id()) e quindi inserirai l'associazione prodotto->categoria nella tabella products_to_category.